Blast en ligne de commande sur un serveur bioinfo de l'URMITE

Pour vous connecter au serveur, utiliser la procédure décrite au début du tutorial ici :

http://www.bioinfomed.fr/__Teachings/bioinfo_urmite/clc_tuto/finishing_tuto.html

(juste la partie “=> Connection on the bioserver of the lab.”)

Tout se fait ensuite en ligne de commande.

- Créer un répertoire perso où seront entreposer vos résultats :

mkdir /home/user01/mon_rep

- et aller dedans

cd /home/user01/mon_rep

(note pour devenir un cran au dessus, c.a.d   “/home/user01/” faites :  cd .. )

- Créer un fichier fasta qui contiendra une séquence référence du gène cya de bacillus anthracis, il y a 2 possibilités :

Option 1 :

echo “>un_id_gene_cya” > query.fas

Puis (copier-coller ici la bonne séquence):

echo “ATGGGTGTCCATAGGT” >> query.fas

et pour vérifer que le fichier est bien rempli, on affiche son contenu :

cat query.fas

Option 2 :

Vous pouvez aussi utiliser le logiciel de transfert de fichiers ftp/ssh “FileZilla”. Ce logiciel s'utilise par une interface graphique simple et est très utilisé par beaucoup de monde. Ce logiciel devrait normalement déjà être installé sur votre PC (sinon il est en téléchargement gratuit sur Internet).

Utiliser les mêmes identifiants que précédemment (“user01” et “user01”) pour vous connecter.

Option 3 :

Vous pouvez aussi envoyer le fichier fasta créé en local sur votre PC, sur le serveur distant, en faisant (sous Windows, avec Putty) dans une fenêtre invite de commande windows:

pscp c:\query.fas 139.124.153.20:query.fas

- Maintenant, lancer un blastn de votre séquence sur la base nr (qui est disponible sur le serveur) :

blastn -task blastn -query query.fas -db /scratch/Blast_DB/nt -evalue 0.1 -out results.txt -num_threads 2 -max_target_seqs 200

Une fois le blast terminé, vous pouvez récupérer le fichier de résultat du blast et l'analyser.

Pour voir simplement ce qu'il y a dans le fichier :

more query.fas

(appuyer sur 'espace' pour continuer l'affichage)

- Vous pouvez aussi récupérer le fichier en local sur votre disque dur.

Pour cela, dans une fenêtre invite de commande, coté votre PC

pscp 139.124.153.20:query.fas c:

On peut ensuite l'ouvrir avec un simple éditeur de texte.