bioinfomed

Marie-Charlotte Pariente - Master Bioinformatique, Université de Montpellier - 2025-2026
//Design of therapeutic proteins tolerated by the immune system //

Emmanuelle Kulhanek Fontanille - high school biology teacher, volunteer trainee, CSM - 2026
// Effect of breast cancer treatments on the gut microbiota //

Emmanuelle Kulhanek Fontanille - Master 2 Sciences de la vie & de la santé, parcours BBC - UniCA - 2024-2025
// Etude du microbiote intestinal chez des patientes atteintes de cancer du sein //

Idrissi Monssef - Ecole Ing. Mohamed 6, 5e année, génie bioinformatique - 2024-2025 - Co-responsible P. Lenormand (Pagès team, IRCAN)
// Études des séquences NTAR et détection de signatures //

Paola Andrea Barrera Rodriguez - Master in Computational Biology - Universidad de los Andes, Colombia 2024-2025 - co-responsible D. Czerucka (CSM / Monaco) - LIA-ROPSE
// Exploring the Gut-Breast Microbiota Axis in Breast Cancer: Immune Modulation and Bioinformatics Analysis of Microbiota Diversity in the UAE Population //

Marion Mateos - Master 1, Sciences de la vie & de la santé, parcours BBC - UniCA - 2024-2025
- Co-responsible with Julien Cherfils team
Effet d’une immunothérapie anti-GD3 dans le vieillissement : Analyse par approche RNA-seq

Léa David - Master 2 Sciences de la vie & de la santé, parcours BBC - UniCA - 2023-2024 - co-responsible D. Czerucka (CSM / Monaco) - LIA-ROPSE
// Bacterial shotgun metagenomic analysis using new R10 Nanopore technology //

Emmanuelle Kulhanek Fontanille - Master 2 Sciences de la vie & de la santé, parcours BIM - UniCA - 2022-2024
Détection de signatures dans les données brutes de séquençage

Mathieu Ferraud - PolyTech' Nice-Sophia engineer school (5th yr, Artificial Intelligence) - co-responsible E. Rottinger (IRCAN team)
//Structuring and manipulating multi-omics data underlying the extreme regeneration process //

Pierre Marchal - Ecole ingénieur agronome, 5e année (ENSAT) - Co-responsible : Dorota Czerucka (centre scientifique de Monaco), stage via LIA-ROPSE (UCA / CSM) - 2023 -
Identification et étude de l’expression des facteurs de virulence des bactéries pathogènes pour l’homme en milieu marin : approche bio-informatique

Mariem Ben Kheder - Bioinformatics PhD - Aix-Marseille University & IHU Infection pôle Sud Méditerranée - co-responsible : R. Ruimy, JM Rolain - 2019 -2021
Séquençage haut débit pour le diagnostic et le traitement des infections bactériennes

Chan SOITHONG - Master 2 Sciences de la vie & de la santé, parcours BIM - UCA - co-responsible : E. Gilson / M. Pousse - 2022
Recherche de corrélations dans des jeux de séquences sub-télomériques

Faten SLAIMI - Ecole Supérieure d'Ingénieurie et de Technologies, Tunis - 2022
Développement de webtools pour l'Intranet de l'IRCAN (internship starting from April 2022)

Eunbae AN - Master 1 Bioinformatique et Biostatistique, Université de Nantes - 2022
Développement d’un pipeline d’assemblage de génomes bactériens (internship starting from April 2022)

Fredrick Nindo - Postdoc bioinfo - IHU Infection pôle Sud Méditerranée - co-responsible : R. Ruimy - 2 yrs contract 2020 & 2021
// Long reads assembling and annotation of Bacillus cereus strains collection//

Lilian Leblanc - IUT 2 Informatique, Université Côte d'Azur - 2021
Mise en place d'un système de ticket openSource sur nos serveurs du type OSTicket ou Zammad, sous Docker et intégration à notre intranet NextCloud

Déborah Braud - Master 2 Sciences de la vie & de la santé, parcours BIM - UCA - co-responsible : E. Rottinger - 2021
Développement d'une banque de données pour l'analyse d'expression spatio-temporelle et/ou de mutants/transgènes

Joris Argentin - M2 “apprenti” (2 years contract) - Master 2 Bioinformatics - Rouen University 2018-2020
Search for signatures in big set of Whole Genome Sequencing (WGS)

Paul Bachelerie - M2 “apprenti” (1 year contract) - PolyTech' Nice-Sophia (engineer school) 2017/2018
Rebuild of the management information system of the IRCAN institute

Guillamaury Debras - Master 2 Bioinformatics - Bordeaux University - 2017/2018
“Motifs finding in big set of data”

Nori Sadouni - Master 2 Sciences de la vie & de la santé, parcours BIM - UCA - co-responsible : R. Ruimy - 2016/2017
“Automatisation des analyses de routine en génomique et métagénomique bactérienne”

Emilien Ledant - Master 2 Bioinformatique, parcours Biologie computationnelle - Université de Bordeaux - co-responsible: D. Van-Essen - 2016/2017
“Deciphering hidden relationships between genome-wide datasets”

Christopher Chevallier - Master 2 BBSG (Bioinformatique Biochimie Structure Génomique) - Aix-Marseille Université - Co-responsible: G. Cristofari - 2016/2017
“Développement base de données variants génétiques”

Samia Benamar - Bioinformatics phD - Aix-Marseille University - co-responsible with Pr. B. LaScola (Samia Benamar pub.) ⇒ PhD - July 6th 2017

Ludovick Kosthowa - Master 2 BBSG (Bioinformatique Biochimie Structure Génomique) - Aix-Marseille Université - Co-responsible: F. Pedeutour - 2015/2016
“VarAn : créateur de rapport personnalisé en médecine de précision”

Amandine Audino - Master 2 GBM (Génie BioMédical) - Université de Nice - 2015/2016
“Gestion et partage de données sur la plateforme CYTOMED”

Nori Sadouni - Master 1 Sciences de la vie & de la santé, parcours BIM - Nice Université - Co-responsible: E. Gilson - 2015/2016
“Etude In Silico de l’effet enhancer de la fixation de TRF2 sur les régions extra-télomériques”

Sidwell Rigade - Master 2 Bioinformatics - Rennes - Co-responsible: C. Gaggioli - 2015/2016
“Construction du réseau génique de la carcinogenèse pulmonaire : Identification de la voie de signalisation P38 MAP kinase dans les cellules tumorales et le stroma”

Duran Audrey - INSA Lyon - co-responsible: E. Gilson - 2015/2016
“Etude de la dynamique de fixation de la proteine telomerique TRF2 par approche ChIP-Seq”

Amna Bardi - Master 2 BBSG (Bioinformatique Biochimie Structure Génomique) - Aix-Marseille Université - 2014/2015
“Développement d'un outil bio-informatique pour l'identification des plasmides”

Samia Benamar - Master 2 Biologie-Informatique - Paris Diderot - 2012/2013
“Analyse de données de méta-génomes de selles de nouveau-nés prématurés atteintes de l'entérocolite nécrosantes de l'agent déclencheur de cette pathologie : Clostridium butyricum”

Nicolas Girard - Master 1 Bioinformatique - Nantes - 2013/2014
“RunE. A tool for a fast quality evaluation of NGS runs”